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2026-09-09 日報
研究與評測

Google DeepMind 發布 AlphaGenome Atlas,釋出 1PB 資料集預測人類基因組 90 億種單字母變異

Google DeepMind一手來源
已查原文 · 4 項主張

來源為發布方或研究資料;不代表所有主張已獲獨立核實。

根據 Google DeepMind 官方發布的文章,報導中的主要主張皆獲得證實。AlphaGenome Atlas 確實是一個 1PB 的資料集,預測了 90 億種單一核苷酸變異的影響,並透過包含 Google Antigravity 在內的多種管道提供。其推出的 AVI 評分結合了 AlphaMissense 模型濃縮為單一數值,並涵蓋高達 98% 的非編碼區。該平台提供的核心資源包含超過 2,500 個 DNA 基序,並且已被 Broad 研究所及 GREGoR 聯盟等機構應用於罕見疾病的研究中。

Google DeepMind 發布 AlphaGenome Atlas,釋出 1PB 資料集預測 90 億種變異,並透過 Google Antigravity 等管道開放。

原文證實了該資料集規模達 1PB,預測 90 億種單一核苷酸變異,並可透過多種管道包含 Google Antigravity 取得。

1-petabyte dataset

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9 billion single-nucleotide variants

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Google Antigravity

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推出 AVI 評分結合 AlphaMissense 模型濃縮為單一數值,並涵蓋 98% 非編碼區。

原文指出 AVI 評分結合 AlphaMissense 成為單一數字,並適用於佔基因組 98% 的非編碼區。

AlphaMissense

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single number

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remaining 98%

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平台四大核心資源中,包含超過 2,500 個重複性 DNA 序列基序。

原文列出的資源包含了一個超過 2,500 個重複性 DNA 序列的合集。

over 2,500 recurrent DNA sequences

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Broad 研究所與 GREGoR 聯盟等機構,已利用該工具進行罕見疾病的致病變異研究。

原文提到與 GREGoR 聯盟以及 Broad 研究所的研究人員合作,利用該工具找尋罕見疾病原因。

Broad Institute

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GREGoR Consortium

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Google DeepMind 宣布推出 AlphaGenome Atlas,這是一個包含人類基因組中 90 億種單一核苷酸變異(所有可能的單字母 DNA 改變)分子效應預測的平台。該資料集規模達 1PB,比 AlphaFold 資料庫大 30 倍以上,目前已透過網站入口、AlphaGenome API 以及 Google Antigravity 技能免費開放學術研究使用。 為協助科學家快速篩選變異,DeepMind 同步推出 AlphaGenome Variant Impact(AVI)評分。該評分結合 AlphaGenome 與預測蛋白質變異的 AlphaMissense 模型,將預測結果濃縮為單一數值。AVI 評分不僅適用於佔基因組 2% 的編碼區,也涵蓋 98% 不直接編碼蛋白質的非編碼區。 平台提供四大核心資源:涵蓋數百種人類與小鼠細胞及組織的分子效應預測、AVI 評分、連結特定生物學特徵(如 RNA 剪接或基因表現)的 AVI 特徵歸因,以及超過 2,500 個重複性 DNA 序列基序(motifs)的完整合集。目前 Broad 研究所與 GREGoR 聯盟等機構,已利用 AVI 評分在數千個候選變異中找出罕見疾病的致病變異。
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背景

AlphaGenome 是 Google DeepMind 於 2025 年推出的深度學習系統,可輸入長達 1 Mb 的 DNA 序列來預測基因表現的調控機制。由於人類基因組中有高達 98% 屬於非編碼區域,且包含許多與疾病相關的變異,該模型為解讀這些複雜序列提供了關鍵的分析工具。

社群討論

社群對 AlphaGenome 的預測能力抱持高度懷疑,認為目前生物學技術尚未到位,例如 AlphaFold 至今仍無法準確預測 GFP 融合結果。網友指出其基準標籤過度依賴演化保守性,且近期針對簡單病毒的實驗顯示 AI 預測極差(一半突變有害且原因未知),更遑論要預測具備複雜基因交互作用的人類基因組。

來源

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